آزمايش HIV-PCR ( PCR=  Polymerase Chain Reaction) :

به زبان بسيار ساده اين آزمايش مستقيماً وجود HIV در خون را جستجو می کند. تست HIV-PCR ژن ويروس (DNA)  را در خون رديابی می کند. اگر شخصی آلوده شده باشد DNA ويروس ايدز در خون او وجود خواهد داشت. ميزان اطمينان به دقت اين تست 95% می باشد. بعضی منابع اين آزمايش را دو هفته بعد از داشتن ارتباط خطرناک (ارتباطی که به تماس مشکوک با خون منجر شود) و بعضی ديگر ابتدا 4 هفته بعد، توصيه می کنند. معمولاً بين 5 روز تا يک هفته طول می کشد تا نتيجه اين آزمايش دريافت شود. از نظر هزينه اين تست به طور معمول بسيار گران تر از تست HIV-ELISA مي باشد. در طی این آزمایش اجزاء‌ مختلف ویروسی روی نوارهای خاص روی صفحه آزمایش که در سرم فرد مورد آزمایش قرار میگیرد قرار دارند .

اگر سرم پادتن HIV داشته باشد ، به نوارهای ویروسی متصل می شوند که باعث تغییر رنگ آنها می شود . گر چه آزمایش HIV در حال حاضر خیلی در دسترس است غربالگری گسترده انجام نمی پذیرد . بـا توجه به اين كه در اين آزمون ژنوم ويروس مورد مطالعه قرار  مي گيرد لذا در تشخيص زودرس بيماري و يا نوزاد متولد شده از مادر آلوده مفيد است . بخاطر حساس بودن زياد ، موارد مثبت كاذب اين آزمون  بالا است. تشخيص مثبت با PCR درهرحال بايد با تست سرولوژيك اثبات شود. 

مثبت کاذب :  ‌آزمایش درصد کمی از افراد چه با آزمایش الایزا یا وسترن بلات می تواند غلط باشد . امکان دارد تغییر رنگ اندکی در بعضی از افرادی که HIV ندارند مشاهده شود و بطور غلط به عنوان HIV مثبت شناخته شوند .

منفی کاذب : در بعضی موارد آزمایش می تواند علیرغم وجود پادتنها نتواند تغییر رنگ نشان دهد . بنابراین کسی که آلوده به ویروس است اشتباهاً ممکن است منفی تلقی شود .

 آنتي ژن P24 : در اين روش آنتي ژن ويروس مورد بررسي قرار مي گيرد . لذا مي تواند در تشخيص زود هنگام آلودگي كمك كننده باشد. البته در مراحل عفونت بدون علامت و يا درمان ضد ويروس ، با توجه به اينكه تعداد ويروس موجود در خون كم است ممكن است منفي كاذب داشته باشيم .

RNA test : اين تست ماده ژنتيکي خود ويروس HIV را بررسي ميکند و جهت غربالگري منابع خون و نيز آشکارسازي ويروس در مراحل اوليه استفاده کرد ( ۹ تا ۱۱ روز پس از در معرض HIV قرار گرفتن) و نيز در موارد بسيار نادر که تستهاي آنتي بادي قادر به آشکارسازي آنتي بادي عليه HIV نيستند .