سير از مدت‌ها پيش، براي كاربردهاي پزشكي مورد استفاده قرار گرفته است و بيشترين مورد استفاده آن در سال‌هاي اخير براي موارد قلبي - عروقي و خاصيت ضد ميكروبي آن بوده است.
تركيبات سولفور شامل آليسين، ظاهرات تركيبات فعالي در ريشه پياز گياه سير است. مطالعات نشان دهنده تاثيرات مهم اما علائم كاهش دهنده چربي و فعاليت ضد پلاكتي هستند. معمولا اثرات جانبي مصرف سيرخفيف و غير متداول است.
سير ظاهرا تاثيري بر متابوليسم داروها ندارد، اما بيماراني كه از داروهاي ضد انعقاد استفاده مي‌كنند، بايد در مصرف سير احتياط كنند. از اين رو افرادي كه جراحي مي‌كنند بايد ‌٧ تا ‌١٠ روز پيش از جراحي از خوردن سير خودداري كنند چرا كه سير زمان خونريزي را طولاني‌تر مي‌كند.
سير هزاران سال براي اهداف پزشكي مورد استفاده داشته است. اين گياه حداقل ‌٣٠٠٠ سال در طب چين كاربرد داشته است.
مصريان، بابلي‌ها، يوناني‌ها و رومي‌ها از سير براي موارد شفابخش استفاده مي‌كرده‌اند. در جنگ‌هاي جهاني اول و دوم نيز از سير بعنوان ماده ضد عفوني كننده براي پيشگيري از قانقاريا استفاده مي‌شود.
در طول تاريخ، سير در سرتاسر دنيا براي درمان ناراحتي‌هاي مختلف شامل فشار خون بالا، عفونت‌ها و مارگزيدگي‌ها استفاده شده و برخي فرهنگ‌ها از آن براي دفع ارواح شيطاني استفاده مي‌كردند.
در حال حاضر از سير براي كاهش ميزان كلسترول و كاهش خطر بروز بيماري‌هاي قلبي - عروقي و نيز براي بهره مندي از خواص ضد ميكروبي آن استفاده مي‌شود.
پياز ريشه گياه سير مصرف پزشكي دارد. از آن مي‌توان به صورت تازه، خشك و يا روغن گرفته شده استفاده كرد. از آنجا كه برخي تركيبات مفيد در اين گياه در اثر حرارت ديده غير فعال مي‌شوند، لذا سير پخته قدرت طبي كمتري دارد.
سير تاكنون در سطح وسيعي در آزمايش‌هاي باليني بر روي حيوانات و انسان و در لوله آزمايش و در بررسي‌هاي اپيدميولوژيك براي خواص چندگانه پزشكي آن مورد مطالعه قرار گرفته است. كيفيت آزمايش‌ها بر روي انسان متفاوت بوده است كه مقايسه را در آزمايش‌هاي مختلف دشوار كرده است.
در بسياري از آزمايش‌هاي كلينيكي متنوع و اتفاقي تاثيرات سير برروي سطح ليپيد (چربي) مطالعه شده است.
در آزمايشاتي در سال‌هاي ‌١٩٩٣ تا ‌١٩٩٤ صورت گرفت، مشخص شد كه مصرف سير در كاهش سطح كلسترول خون نقش اساسي دارد. بر اساس توصيه‌هاي مهم كلينيكي، به بيماران گفته مي‌شود كه سير تاثير خفيف و كوتاه مدت در كاهش چربي خون دارد.
بيماراني كه سابقه ابتلا به بيماري ترومبوس (تشكيل لخته خوني در عروق يا قلب) را دارند بايد بدانند كه سير مي‌تواند تاثير اندك اما مهم به روي تجمع پلاكت‌ها داشته باشد. به علاوه بايد به بيماران توصيه شود كه اين گياه خاصيت كاهش خطر ابتلا به سرطان بويژه سرطان معده و روده را دارد.